Сертифициращ орган на програмата е Дирекцията „Национален фонд” към Министерство на финансите на Република България. Сертифициращият орган получава средствата от Комисията и ги превежда на Управляващия орган в Министерство на регионалното развитие и благоустройство и изпълнява следните функции:

• изготвя и представя в Комисията заверени отчети за разходите и заявления за плащане;
• удостоверява, че: отчетът за разходите е точен, резултат е от надеждни счетоводни системи и се основава на проверими придружаващи документи; декларираните разходи са в съответствие с приложимите общностни и национални правила и са били направени във връзка с операциите, избрани за финансиране в съответствие с критериите, приложими за програмата, и в съответствие с общностните и националните правила;
• гарантира за целите на сертифицирането, че е получена от управляващия орган съответната информация относно процедурите и проверките, извършени във връзка с разходите и включени в отчетите за разходите;
• за целите на сертифицирането отчита резултатите от всички одити, извършвани от одитния орган или под негова отговорност;
• поддържа счетоводна система/записи в електронна форма за декларираните пред Комисията разходи. Управляващият и одитният органи имат достъп до тази информация. При писмено искане от страна на Комисията сертифициращият орган предоставя тази информация на Комисията в срок от десет работни дни след получаване на искането или в рамките на друг договорен срок с цел извършване на проверки на документацията и проверки на място;
• осъществява счетоводство на сумите, подлежащи на възстановяване, и на сумите, изтеглени след анулиране на цялата или на част от операцията. Възстановените суми се внасят повторно в общия бюджет на Европейския съюз преди приключването на трансграничната програма, като се приспаднат от следващия отчет за разходите;
• до 28 февруари всяка година представя в Комисията отчет за следните суми за всяка приоритетна ос на трансграничната програма: сумите, изтеглени от отчетите за разходите, подадени през предходната година вследствие на анулирането на цялото или на част от участието за операция; възстановените суми, които са приспаднати от тези отчети за разходите; сумите, които са подлежали на възстановяване на 31 декември от предходната година, подредени по годината, в която са издадени разпорежданията за възстановяване.