Одитният орган (ОО) на програмата е  Изпълнителна Агенция "Одит на средствата от ЕС" в Министерство на финансите на Република България, подпомагана от Групата на одиторите. Одитният орган е функционално независим от Управляващия орган и Сертифициращия орган и има следните функции:

• гарантира, че одитите се извършват с цел проверка на ефективното функциониране на системата за управление и контрол на трансграничната програма;
• гарантира, че одитите на операции се извършват въз основа на подходяща извадка с цел проверка на  декларираните разходи;
• до 31 декември всяка година от годината след приемане на трансграничната програма до четвъртата година след последното поето бюджетно задължение: представя в Комисията годишен доклад, в който са посочени резултатите от одитите, извършени през изминалия дванадесетмесечен период, приключващ на 30 юни от съответната година, както и евентуални пропуски/недостатъци, установени в системите за управление и контрол на програмата; въз основа на проверките и одитите, които са били извършени под негова отговорност изготвя становище, относно ефективното функциониране на системата за управление и контрол, гарантиращо правилността на отчетите за разходите и законосъобразността на транзакциите.
• най-късно до 31 декември на петата година след последното поето бюджетно задължение представя в Комисията декларация за приключване, в която се оценява валидността на заявлението за плащане на крайното салдо и законосъобразността и редовността на основните транзакции, обхванати от окончателния отчет на разходите, и която съпътства окончателния доклад за контрол. Тази декларация за приключване се основава на цялата одиторска дейност, извършена от одитния орган или на негова отговорност;
• гарантира, че при одиторската дейност се прилагат международно приетите стандарти за одит;
• когато посочените одити и проверки се извършват от инстанция, различна от одитния орган, одитния орган гарантира, че тези инстанции имат необходимата функционална независимост;
• посочва причините и оценява мащаба на проблема и финансовия ефект от него в случай описан в член 105 (4) от Регламент (ЕО) № 718/2007 на Комисията от 12 юни 2007 г.;
• определя българските експерти в групата одитори и осъществява обучение на всички членове на групата.