Harcamaları doğrulamak amacıyla Türkiye ve Bulgaristan aşağıdaki hususları teyidi mümkün hale getiren bir kontrol sistemi oluşturacaklardır:

• Eş finansmanla finanse edilen ürün ve hizmetlerin ulaştırılması;
• Kendi tarafında gerçekleştirilen faaliyetler veya faaliyetlerin bir kısmı için beyan edilen harcamaların uygunluğu;
• Söz konusu harcamaların, ilgili faaliyetlerin ve ihale prosedürlerinin Topluluk ve ulusal mevzuat ile uygunluğu;
• Söz konusu harcamaların, ilgili faaliyetlerin tümünün faaliyetlerin bir kısmının başvuruda belirtilen uygun harcamalar ile tutarlılığı;

Bu amaçla her bir ülke faaliyette yer alan her bir faydalanıcının beyan ettiği harcamaların uygunluğuna ve yasallığına ilişkin doğrulamayı yapmak üzere kontrolörler atayacaktır.  İki ülkenin de kendi ulusal mevzuatına göre yapılan bir seçim sürecinden sonra Ortak İzleme Komitesi bir kontrolörler listesi onaylayacaktır. Kontrolörler Yönetim Otoritesi (çerçeve anlaşması ve kontrat) ile birebir kontrat imzalayacaklardır. Kontrat sayısına ve kontrol ihtiyacına bağlı olarak kontrolörler listesinden her ülkeden (azami 3 ila 4 arasında) kontrolör kullanılacaktır.

Eş finansmanın karşıladığı ürün ve hizmetlerin doğrulandığı yer ancak faaliyetin tamamına uygun olabilir ve söz konusu kontroller ülkenin kendi kontrolörü veya Yönetim otoritesi tarafından lider faydalanıcının bulunduğu yerde yapılmalıdır. Harcamalar kontrolörler tarafından azami olarak lider faydalanıcılarca kontrolörlere tesliminden itibaren 3 ay içerisinde doğrulanmalıdır.