Yönetim Otoritesi, Ulusal Otorite ile işbirliğinde bir Ortak Teknik Sekretarya (JTS) oluşturur. Ortak Teknik Sekretarya Bulgaristan Cumhuriyeti’nde, Hasköy’de bulunmaktadır. OTS’nin Türkiye’de bir şubesi bulunmaktadır. OTS (ve şubesi), Yönetim Otoritesi ile anlaşması olan, Türkiye’den ve Bulgaristan’dan eşit sayıdaki uzmanlardan oluşmaktadır.

OTS, Programın Yönetim Otoritesi’ne ve Ortak İzleme Komitesi’ne sürekli yardım sağlamakta ve gerekli olduğu hallerde Yetkilendirme Otoritesi’ne ve Denetim Otoritesi’ne de görevlerini yerine getirmelerinde destek olmaktadır.  OTS aynı zamanda Ortak İzleme Komitesi’nin karar alma ve bu kararları uygulama sürecinde yer almakta ve mutat bir sekretarya görevini yürütmektedir.

OTS özellikle aşağıdaki ortak görevlerden sorumludur:

• Program bilgilendirme kampanyalarının organizesi ve planlamasında ve programın kamusal farkındalığının artırılması gibi diğer faaliyetlerde yer almak;
• Bir ortak proje veri tabanı ve proje ortakları veri tabanı oluşturmak;
• Projelerin yayılmasını ve geliştirilmesini desteklemek;
• Başvuru paketi, değerlendirme, kontrat yapma, uygulama, izleme ve raporlama gibi Program uygulaması için gerekli görülen aşamalarda Yönetim Otoritesi’ne ve Ulusal Otorite’ye destek vermek;
• Teklif Çağrıları için başvuru paketini hazırlamak ve Yönetim Otoritesi ile Ulusal Otorite’ye onay için sunmak;
• Faydalanıcılara faaliyetlerin uygulanmasında ve mali idare konularında yardımcı olmak;
• Yapılan başvuruları almak ve kaydetmek;
• İdari muvafakat ve uygunluk bakımından proje başvurularının resmi değerlendirmesini yapmak;
• Senede bir kere onaylanması maksadıyla Ortak İzleme Komitesi’ne Yönetim Otoritesi vasıtasıyla bir çalışma planı sunmak;
• Görev ve hizmetlerin idari yönetimini yapmak ve hazırlamak, bütün toplantı ve aktiviteleri organize etmek, toplantı tutanaklarını hazırlamak;
• Değerlendirme Komitesi için sekretarya işlevini yürütmek ve Ortak İzleme Komitesi’ne projelerin teknik değerlendirme toplantılarının neticelerini sunmak;
• Proje uygulamalarını izleme, lider faydalanıcılardan bilgi toplamak ve Yönetim Bilgi Sistemi’ndeki bilgileri güncellemek;
• Kontrolörlerin çalışmalarını koordine etmek ve onaylanan faaliyetlerin ikili kontrolünü yapmak;
• Yönetim Otoritesi’ne sunmadan önce lider ortaklardan proje raporlarını toplamak ve kontrol etmek;
• Programın uygulanmasına dair raporların hazırlanmasında Yönetim Otoritesi’ne destek olmak;
• Lider faydalanıcılardan herhangi bir düzeltme ve hatta projeye eklerin hazırlanması ve Yönetim Otoritesi’ne veya Ortak İzleme Komitesi’ne onaylanmak üzere gönderilmesi amacıyla gelen talepleri almak;
• Türkiye ve Bulgaristan’daki program uygulama otoriteleriyle ve diğer bölgesel programlarıyla işbirliğinde olmak;
• Sınırötesi İşbirliği Programına dahil olan merkezi, bölgesel ve yerel paydaşlarla işbirliği yapmak.