Türkiye’nin Ulusal Otoritesi ortak programlama, yönetim ve programın uygulanması konularında işbirliği sağlamaktadır. Ayrıca, Yönetim Otoritesi’ne, Onaylama Otoritesi’ne ve Denetim Otoritesi’ne görevlerini yerine getirmelerinde destek vermek için gereken tedbirleri alacaklardır. Özellikle:

• Programın hedeflerine, uygulamalara ve gerekli olduğu takdirde yapılan değişikliklere uygun olarak ortak programlamaya ve faaliyetlerin yürütülmesine iştirak etmek;
• Ortak İzleme Komitesi’ne Türk temsilciler seçmek;
• Ortak Teknik Sekretarya (merkez ve şube)’daki görev tanımlama ve uzman seçme hazırlıklarına katılmak;
• Seçim sürecinden sonra Türk tarafından kontrolörler ve değerlendiriciler seçmek/atamak; 
• Denetçi grubu içinde yer alan Türk tarafı temsilcileri koordine etme;
• Yönetim Otoritesi ile programın uygulanmasında iki ülke arasındaki sorumlulukları düzenleyen Mutabakat Zaptı’nı imzalamak;
• Yönetim Otoritesi ve OTS ile işbirliğinde program ve teklif çağrıları ile ilgili bilgilendirme yapmak;
• Başvuru paketi, değerlendirme, kontrat yapma, uygulama, izleme ve raporlama gibi Program’ın uygulanmasında sabit yükümlülük olan şeyleri Yönetim Otoritesi ile işbirliğinde hazırlamak;
• Yönetim Otoritesi ile, Teklif Çağrıları’nın açılış tarihiyle Türk tarafındaki Teklif Çağrıları’nın açılış tarihinin paralelliğini koordine etmek;
• 12 Haziran 2007 tarihli ve 718/2007 No.lu Komisyon Tüzüğü madde 114(2)’de belirtildiği gibi kendi bölgesindeki lider faydalanıcıya gereğinden fazla/boş yere ödenen tutarları Yetkilendirme Otoritesi’ne geri ödemek;
• Ortak İzleme Komitesi tarafından onaylanmak üzere Teklif Çağrıları paketinin hazırlanmasına iştirak etmek.