Türk ve Bulgar program ortakları Tek bir Yönetim Otoritesi olması ve bunun da Bulgaristan Cumhuriyeti Bölgesel Kalkınma ve İskân Bakanlığı Bölgesel Kalkınma Programlaması Genel Müdürlüğü olması hususunda anlaşmıştır.

Yönetim Otoritesi makul mali yönetim ve aşağıdaki ilkeler doğrultusunda sınırötesi işbirliği programın uygulanmasından sorumludur:

• Hibe için seçilen faaliyetlerin sınırötesi program kriterlerine uygun olduğundan ve bütün uygulama süresince uygulanabilir Toplum ve ulusal kurallara uygun olduğundan emin olmak;
• Sınırötesi program dahilindeki her bir faaliyetin muhasebe kayıtlarının bilgisayar ortamında kaydedilebileceği ve saklanabileceği bir sistemin ve mali yönetim, izleme, doğrulama, değerlendirme ve denetleme için gerekli olan uygulama bilgilerinin var olduğundan emin olmak;
• Harcamaların uygunluğunu doğrulamak. Buna göre, faaliyette yer alan her bir faydalanıcının harcamasının bir kontrolör tarafından doğrulandığından emin olmak.
• Faaliyetlerin, 12 Haziran 2007 tarihli ve 718/2007 No.lu Komisyon Tüzüğü Madde 121(1) No atıfta bulunulan kamu alımlarına uygun biçimde yapıldığından emin olmak;
• Faaliyetlerin uygulanmasında yer alan nihai faydalanıcıların ve diğer yapıların programla ilgili bütün işlemlerin yapılmasında ulusal muhasebe kurallarına ters düşmeyen ya ayrı bir muhasebe sisteminin ya da bir muhasebe kodunun bulunduğundan emin olmak;
• Sınırötesi program değerlendirmelerinin 12 Haziran 2007 tarihli ve 718/2007 No.lu Komisyon Tüzüğü Madde 109’a uygun olarak yapıldığından emin olmak; 
• Yeterli denetim izlemesinin gerçekleştirilebilmesi için gerekli olan harcama ve denetimlerle ilgili bütün dokümanların 12 Haziran 2007 tarihli ve 718/2007 No.lu Komisyon Tüzüğü Madde 134’e uygun olarak hazırlandığından emin olmak için usuller tertip etmek;
• Onaylama amacıyla, onaylama otoritesinin harcamalarla ilgili gerçekleştirilen usuller ve doğrulamalarla ilgili bütün bilgileri haiz olduğundan emin olmak;
• Bulgar temsilciler seçmek ve Ortak İzleme Komitesi’ne çalışmalarında rehberlik etmek ve Ortak Teknik Sekretarya ile işbirliğinde Ortak İzleme Komitesi’ne belirli hedefleri ışığında sınırötesi programın uygulanma kalitesini değerlendirmesine imkan sağlamak için gerekli dokümanları sunmak;
• Görev tanımlarının yapılmasında, uzmanların seçilmesinde ve Ortak Teknik Sekretarya’daki (merkez ve şube) bütün üyelerle kontrat imzalanmasında bulunmak, destek vermek;
• 12 Haziran 2007 tarihli ve 718/2007 No.lu Komisyon Tüzüğü Madde 112 atıfta bulunulan uygulamaya dair yıllık ve nihai raporlamayı yapmak ve Ortak İzleme Komitesi’nin onayından sonra teslim etmek;
• 12 Haziran 2007 tarihli ve 718/2007 No.lu Komisyon Tüzüğü  Madde 62 belirtilen bilgi ve tanıtım kurallarına da uyarak, OTS ile işbirliğinde teklif çağrıları ve programla ilgili bilgilendirme yapmak;
• Başvuru paketi, değerlendirme, kontrat yapma, uygulama, izleme ve raporlama gibi Program’ın uygulanmasında sabit yükümlülük olan şeyleri Ulusal Otorite ile işbirliğinde hazırlamak;
• Ulusal Otorite ile işbirliğinde Teklif Çağrıları paketlerini onaylamak;
• Teklif Çağrıları’nın açılış tarihine ve Ulusal Otorite ile birlikte Teklif Çağrıları’nın açılışına karar vermek;
• Seçim sürecinden sonra Bulgar tarafından mali kontrolörleri ve değerlendiricileri seçmek/atamak;
• Ortak İzleme Komitesi’nce, her iki taraftan, onaylanan değerlendiriciler/uzmanlar/kontrolörler ile kontratları ve çerçeve anlaşmasını imzalamak;
• Her bir faaliyet için uygulama düzenini belirlemek ve lider faydalanıcı ile anlaşma (kontrat imzalama)yapmak;
• 12 Haziran 2007 tarihli ve 718/2007 No.lu Komisyon Tüzüğü Madde 94(1)(d) çerçevesinde  bulunulan ve mali göstergelere dayanarak programın izlemesini yürütmek;
• Bulgaristan adına Mutabakat Zaptı’nı imzalamak;
• Proje süresine (ör: adres, banka hesabı, uzman değişikliği vs.) ve bütçeye ilişkin olmayan kontrat değişikliklerini onaylamak.