Управляващият орган в сътрудничество с Националния партниращ орган създава Съвместен технически секретариат (СТС). Той се намира в Хасково, Република България. СТС има антена (клон) в гр. Одрин, Турция. СТС (включително неговата антена като част от един и същ орган) се състои от равен брой български и турски експерти, наети от УО.

СТС подпомага дейността на Управляващия орган и на Съвместния комитет за наблюдение на Програмата и при необходимост – дейността на Сертифициращия орган и Одитния орган. СТС взема участие в подготовката и изпълнението на решенията на Съвместния комитет за наблюдение и изпълнява задължения на секретариат. Функциите на  СТС са:

• участва в планиране и организиране на информационните кампании по  програмата и други дейности, свързани с повишаване на обществената осведоменост за програмата;
• създава и управлява съвместна база данни за проектите и база данни за партньорите по проектите;
• подкрепя генерирането и разработването на проекти;
• подпомага УО и Националния партниращ орган при подготовката на всички стандартни образци за изпълнението на Програмата като: документи за кандидатстване, оценка, наемане, изпълнение, мониторинг и докладване;
• подготвя документите за кандидатстване по поканите за набиране на проектни предложения и ги представя на УО и на Националния партниращ орган за одобрение;
• консултира бенефициентите за изпълнението на операциите и финансовото управление;
• приема и регистрира подадените проектни предложения;
• извършва  административна оценка и оценка за избираемост на проектните предложения;
• един път годишно представя работен план на Управляващия орган и на Съвместния комитет за наблюдение за одобрение;
• организира всички срещи и прояви, изготвя протоколи, подготвя и осигурява административното управление;
• членове на СТС изпълняват функциите на секретари на работните групи за оценка на проектните предложения и представят на СКН резултатите от техническата оценка;
• извършва наблюдение по изпълнението на проектите, събира на информация от водещите бенефициенти и актуализира данните в Информационната система за управление;
• координира работата на контрольорите и извършва повторна проверка на заверените дейности;
• събира и проверява докладите по проектите от водещите партньори и ги предава на УО;
• подпомага УО в подготовката на докладите за изпълнение на програмата;
• получава заявления от водещите бенефициенти относно всякакви изменения и допълнения към проектите и ги представя на УО или съответно на СКН за одобрение;
• сътрудничи с органите изпълняващи програмата в България и Турция и с други програми за териториално сътрудничество;
• сътрудничи с централни, регионални и местни заинтересовани страни, участващи в Програмата за ТГС.