Българските и турските партньори в програмата се споразумяха функциите на Единен управляващ орган  (УО) по програмата да се изпълняват от Главна Дирекция „Програмиране на регионалното развитие” към Министерство на регионалното развитие и благоустройството на Република България.

Управляващият орган е отговорен за управлението и изпълнението на трансграничната програма в съответствие с принципа за стабилно финансово управление и по-специално:

• Удостоверява, че операциите са избрани за финансиране в съответствие с критериите, приложими за трансграничната програма, и че те са в съответствие с приложимите общностни и национални правила за целия период на осъществяването им;
• Удостоверява, че съществува система за записване и съхраняване в електронна форма на счетоводните документи за всяка операция по трансграничната програма и че данните за изпълнението, необходими за финансовото управление, наблюдение, проверки, одити и оценка, са налични;
• Удостоверява редовността на разходите. Във връзка с това Управляващият орган назначава контрольори с цел осъществяване на първо ниво на контрол (проверка и заверяване на разходите на всеки краен бенефициент, участващ в операцията).;
• Удостоверява, че операциите се изпълняват в съответствие с правилата, одобрени от СКН и посочени в член 121  (1) от Регламент (ЕО) № 718/2007 на Комисията от 12 юни 2007 г.;
• Удостоверява, че крайните бенефициенти и други институции, включени в осъществяването на операциите, поддържат или отделна счетоводна система, или адекватен счетоводен код за всички транзакции, отнасящи се до операцията, без да се нарушават националните счетоводни правила;
• Удостоверява, че оценките на изпълнението на трансграничната програма се извършват в съответствие с член 109 от Регламент (ЕО) № 718/2007 на Комисията от 12 юни 2007 г.;
• Създава процедури, гарантиращи, че всички документи относно разходите и одитите, необходими за осигуряване на адекватна одитна пътека, са в съответствие с изискванията на член 134 от Регламент (ЕО) № 718/2007 на Комисията от 12 юни 2007 г.;
• Гарантира, че сертифициращият орган получава цялата необходима информация относно процедурите и проверките, извършени във връзка с разходи за целите на сертифицирането;
• След съгласуване със съответните институции определя българските представители в Съвместния комитет за наблюдение (СКН) и изготвя насоки за работата му. С подкрепата на Съвместния технически секретариат осигурява необходимите документи за работата на СКН, свързана с наблюдение изпълнението на трансграничната програма;
• Участва в подготовката на длъжностните характеристики, подбора на експерти и сключването на договори с всички членове на СТС  (Главен СТС и СТС-антена);
• Изготвя и след одобрение от СКН представя в Комисията годишните и окончателните доклади за изпълнение на програмата, посочени в член 112 от Регламент (ЕО) № 718/2007 на Комисията от 12 юни 2007 г.;
• Осигурява информация за програмата и поканите за набиране на проектни предложения в сътрудничество със СТС, и осигурява изпълнение на изискванията за информиране и популяризиране, посочени в член 62 от Регламент (ЕО) № 718/2007 на Комисията от 12 юни 2007 г.;
• В сътрудничество с Националния партниращ орган подготвя всички образци на документи за изпълнение на Програмата като: пакет документи за кандидатстване, оценка, сключване на договори, изпълнение, наблюдение, отчети и др.;
• сътрудничество с Националния партниращ орган одобрява набора от документи свързани с поканите за набиране на проектни предложения;
• В сътрудничество с Националния партниращ орган взема решение относно датата за обявяване на отделните покани за набиране на проектни предложения;
• След проведена процедура на подбор избира/определя контрольорите и оценителите на проектни предложения от българска страна;
• Сключва рамково споразумение и договори с оценителите/контрольорите (одобрени от СКН) от двете страни,;
• Изготвя и сключва договор с водещия бенефициент за изпълнението на всеки проект;
• Осъществява наблюдение на изпълнението на програмата в съответствие с финансовите индикатори и индикаторите, посочени в Член 94 (1) (d) от Регламент (ЕО) № 718/2007 на Комисията от 12 юни 2007 г.;
• Подписва двустранен Меморандум за разбирателство от името на България;
• Одобрява допълнения/изменения към договорите, които не са свързани с промяна в бюджета или времето за изпълнение на проекта (например: промяна на адреса, банковата сметка, експерти и т.н.).