Съвместният комитет за наблюдение се създава в срок до три месеца от датата на одобряване на програмата и се състои от представители, определени от двете участващи страни съгласно принципа на партньорство. СКН заседава най-малко два пъти годишно по инициатива на участващите страни или на Комисията и се съ-председателства от Управляващия орган (България) и Националния партниращ орган (Турция). Представител/и на Европейската комисия или други свързани органи участва в работата на СКН в качеството си на член със съвещателен глас.

СКН има следните функции:

• разглежда и одобрява критериите за подбор на операциите, финансирани по трансграничната програма и одобрява всяко преразглеждане на тези критерии в съответствие с нуждите на програмирането;
• периодично разглежда направения напредък по постигане на специфичните цели на трансграничната програма въз основа на представените от УО документи;
• разглежда резултатите от изпълнението, по-специално постигането на набелязаните за всяка приоритетна ос цели (резултати), и оценките, посочени в член 57, параграф 4 и член 109 от Регламент (ЕО) № 718/2007 на Комисията от 12 юни 2007 г.;
• разглежда и одобрява годишните и окончателните доклади за изпълнението, посочени в член 112 от Регламент (ЕО) № 718/2007 на Комисията от 12 юни 2007 г.;
• информира се за годишния доклад за контрол, посочен в член 105, параграф 1, буква (в) от Регламент (ЕО) № 718/2007 на Комисията от 12 юни 2007 г. и за съответни забележки, които Комисията може да направи, след като разгледа тези доклади;
• отговаря за подбора на операции;
• предлага при необходимост преразглеждане или обсъждане на трансграничната програма, насочени към постигане на целите, посочени в член 86, параграф 2 от Регламент (ЕО) № 718/2007 на Комисията от 12 юни 2007 г., или към подобряване на нейното управление, включително финансовото й управление;
• разглежда и одобрява всяко предложение за изменение на съдържанието на трансграничната програма;
• извършва мониторинг на програмата по отношение на финансовите показатели, показателите за краен продукт и показателите за резултат;
• одобрява списъка с контрольори и оценители;
• одобрява всякакви приложения към договорите, свързани с промяна в бюджета или срока на проекта;
• одобрява всички вътрешни документи относно изпълнението на програмата между двете страни.