Националният партниращ орган на Турция участва в съвместното програмиране, управление и изпълнение на програмата и предприема всички необходими мерки за подпомагане на Управляващия орган, Сертифициращия орган, Одитен орган в съответните им задължения.

Основните функции на  Националния партниращ орган са:

• участва в съвместното програмиране, изменението на програмата (ако е необходимо) и изпълнението й;
• определя турските представители в Съвместния комитет за наблюдение;
• участва в подготовката на длъжностните характеристики и в подбора на експерти в СТС (Главен СТС и СТС-антена);
• след проведена процедура на подбор,  избира/определя контрольорите и оценителите на проектни предложения от турска страна;
• координира определянето на представител(и) от турската страна в групата одитори. Одитният орган от турската страна отговаря за подбора на представители от турската страна в групата одитори;
• подписва двустранен Меморандум за разбирателство от името на Турция с УО;
• осигурява информация за програмата и поканите за набиране на проектни предложения в сътрудничество с УО и СТС;
• в сътрудничество с УО подготвя всички образци на документи за изпълнение на Програмата;
• координира с УО датите за обявяване на Покани за набиране на проектни предложения и паралелно с това публикува Поканите на турска територия;
• осигурява възстановяването на неправомерно изразходвани средства от крайните бенефициенти от турска страна, както е посочено в Член 114 (2) от Регламент (ЕО) № 718/2007 на Комисията от 12 юни 2007 г.;
• участва в подготовката на набора от документи свързани с Поканите за набиране на проектни предложения, който впоследствие се одобрява от СКН.