Programın denetim otoritesi, Bulgaristan Cumhuriyeti Maliye Bakanlığı’ndaki uygulama ajansı olan “Avrupa Birliği Hibeleri Denetimi”dir ve bir Denetmen Grubu tarafından desteklenmektedir.

Denetim Otoritesi işlevsel olarak Yönetim Otoritesi’nden ve Onay Makamından bağımsız olup, aşağıdakilerden sorumludur:

• Sınırötesi işbirliği programının yönetim ve kontrol sisteminin etkin işlemesini sağlamak amacıyla denetimler gerçekleştirmek
• Denetimleri, uygun bir örnek temel alınarak beyan edilen harcamaların doğrulanmasını sağlayacak şekilde yerine getirmek
• Programın onaylanmasını müteakiben 31 Aralık tarihi itibariyle bütçedeki nihai yükümlüğü izleyen 4 yıl boyunca her yıl;  Komisyon’a yılın 30 Haziran’ında biten son 12 aylık döneme ait denetlemeler esnasında ortaya çıkan bulguların yıllık bir raporunu sunmak; programın yönetim ve kontrol sistemlerine ait problemlerin rapor edilmesi; Denetim Otoritesi’nin sorumluluğundaki kontrol ve denetimlerin işlevselliği esas alınarak, Komisyon’a sunulan harcamaların uygunluğunu ve bunun neticesi olarak bu harcamalar altında gerçekleştirilen işlemlerin uygun ve yasal olduğunu gerekçelendirmek suretiyle temin etmek.
• Son bütçe anlaşmasını takip eden beşinci yılın 31 Aralık tarihi itibarıyla kesin bilânçonun ödemesinin uygulanmasını değerlendiren bir kapanış beyannamesinin sunulması ve nihai kontrol raporunun desteklediği, harcama beyannamesinin kapsadığı işlemlerin yasallık ve uygunluğunu beyan etmek.  Söz konusu kapanış beyannamesi denetim otoritesi altında veya sorumluluğunda gerçekleştirilen denetlemelere dayandırılmalıdır;
• Denetimlerin uluslararası denetim standartlarını dikkate almasını sağlamak;
• Denetim Otoritesi dışındaki bir yapı tarafından denetimin yapıldığı yerlerde, denetimlerin söz konusu yapı tarafından bağımsız şekilde yapılmasını sağlamak;
• Komisyon Yönetmeliği (EC) No 718/2007 of 12 Haziran 2007 Madde 105 (4)’e paralel olarak problemin büyüklüğü ve finansal etkilerine ilişkin gerekçeli tahminde bulunmak;
• Denetim grubuna Bulgar uzmanlar atamak ve bütün grup üyelerine eğitim vermek.