Sınırötesi işbirliği programının nihai hedefi daha güçlü bir Avrupa işbirliği ve bütünleşmesine hizmet etmek amacıyla Bulgaristan-Türkiye sınırötesi işbirliği alanında her iki ülkenin güçlü olduğu ana noktalar üzerine kurulu sürdürülebilir ve dengeli bir kalkınma sağlamaktır.

Sınırötesi işbirliği programı, aşağıdaki hedeflere ulaşmak için işbirliği alanlarında fonksiyon üstlenerek nihai hedefine ulaşmaya çalışacaktır:

• Karşılaştırmalı avantajlardan hareketle işbirliği alanında sürdürülebilir iktisadi kalkınmayı hızlandırmak;
• İnsanlar ve toplumlar arasındaki yakınlaşmayı teşvik etmek ve bir bütün halinde sosyal kalkınmayı geliştirmek; 
• Doğal, kültürel ve tarihi miras değerlerinin korunması da dâhil, doğal kaynakların verimli ortak kullanımıyla hayat kalitesinin artırılması; 

Her biri sınır bölgesinin farklı potansiyellerini ortaya koyan, programın üç özel hedefinin bölgede büyük etkisinin olması beklenmektedir: 

Sosyal etki:

• Yaşam Kalitesinin artırılması
• İşsizliğin azaltılması

İktisadi etki:

• Yerel ekonomiye destek verilmesi
• Altyapı yatırımlarının teşvik edilmesi